Tüm rütbeleri sökülen ve er statüsüyle Yassıada Askeri Mahkemesi’nde yargılanan Erdelhun, dönemin Başbakanı Adnan Menderes, Dışişleri Bakanı Fatin Rüştü Zorlu ve Maliye Bakanı Hasan Polatkan gibi idama mahkum edildi. Ancak Edelhun hakkındaki hüküm daha sonra ömür boyu ağır hapis cezasına çarptırıldı. Erdelhun öteki Yassıada mahkumlarıyla birlikte yaklaşık 1 sene Kayseri Cezaevi’nde kaldı. Cumhurbaşkanı Cemal Gürsel kendi yetkisini kullanarak Rüştü Erdelhun’un da aralarında bulunduğu 12 kişiyi affetti.